Есть ещё возможность разрабатывать интерфейс на Adobe AIR в соответствующем SDK, а для криптографии разработать расширение на C или C++. В Native SDK 2.0 есть специальный проект C/C++ ANE Project для разработки расширений AIR. Так что да, совмещать средства разработки можно.