Откровенно говоря, мне не очень понятен Ваш вопрос. Наверное по причине того, что я мало сталкиваюсь с Windows. В QNX, как и в любой UNIX системе такой проблемы, как манипулирования COM-портами вообще нет. Для каждого устройства есть файл в /dev . Например, для QNX последовательные порты (по умолчанию) называются /dev/ser1, /dev/ser2 и т.д. Любая программа, которая работает с последовательными портами имеет (и должна иметь) опцию, с помощью которой можно указать имя устройства, с которым надо работать.
Также Вы можете сделать символическую ссылку на /dev/ser1 и указывать её в качестве параметра программе. Например, так:
# ln -sf /dev/ser2 /COM1
# qtalk -m /COM1
В последствии Вы можете изменить символическую ссылку и перезапустить программу:
# ln -sf /dev/ser1 /COM1
# qtalk -m /COM1
Такое может быть полезно в очень редких случаях или, когда ПО собственной разработки собрано так, что работает только с заранее известным устройством, например, /COM1.