Здравствуйте. В /etc/ntp/ntp.conf есть пример конфигурации ntpd.
Следующая конфигурация у меня работает.
# cat /etc/ntp.conf
# Example for the Internet server
#server server1_name_or_ip
#server server2_name_or_ip
# Example for a stand alone server
server 127.127.1.0 prefer
fudge 127.127.1.0 stratum 12
driftfile /etc/ntp/ntp.drift
logfile /var/log/ntp.log
#
Через 3-4 минуты сервер снижает stratum до 13, и синхронизация проходит.
В этой конфигурации сервер не имеет вышестоящих серверов.