Уже собрал Samba 3.5.6 для QNX 6.5. Также подготовил скрипт для кросс-сборки на инструментальной системе Linux, так что можно попробовать собрать под другие версии QNX6 и другие аппаратные платформы. Выложу сегодня или завтра, если будет свободное время. Когда появится сборка для QNX4, то добавлю в ту же тему.
По поводу samba из pkrsrc. Скорее всего Вам надо установить пакет popt, который содержит библиотеку libpopt.so. Однако, если Вы правильно устанавливали пакет samba, то popt должен быть у него в зависимостях. На всякий случай даю ссылку на руководство по работе с pkgsrc в QNX --
Binary Packages.
Отдельно отмечу, что в моей сборке SWAT работает, а popt компилируется в дереве исходников Samba.