Геометрия диска норм ? В BIOS выставить LBA и накатить DOS с дискетки/флэшки/cd-rom, снеся все разделы. Затем снова поставить qnx.
Попробовал, DOS встал без всяких проблем...
Там смысл не в том что DOS встал, а именно накатить qnx после. Или рядом. В "лохматые" времена на 486ых иногда приходилось долго qnx уговаривать