файл com.qnx.tools.ide.doc.qnx.momentics.6.5.0.link располагается o:\QNX650\host\win32\x86\usr\qde\eclipse\dropins
Александр, создайте файл com.qnx.tools.ide.doc.qnx.momentics.6.5.0.link в директории из которой запускается IDE, например: C:\qnx-momentics-v201510011642-win32.win32.x86\dropins\com.qnx.tools.ide.doc.qnx.momentics.6.5.0.link
Пример содержимого файла: path=C:\\QNX650\\target\\qnx6\\usr\\help
В такой конфигурации документация индексируется корректно.