Здравствуйте,
QNX может работать с UEFI, но это должен быть UEFI BIOS без Secure Boot или с возможностью его отключения.
Касательно установки QNX второй системой после Windows 7 x64, попробуйте следующую последовательность действий:
1) Загрузится с Live CD QNX
2) Занулить раздел Вашего жесткого диска. Обращаю Ваше внимание, что это действие сотрет всю Вашу информацию на жестком диске.
# dd if=/dev/zero of=/dev/hd1 count=100
3) Произвести установку QNX на HDD.
4) Установить Windows 7 x64 на другой раздел жесткого диска.
5) Снова загрузиться с Live CD и в утилите fdisk выбирать Loader, Save на разделе с QNX, чтобы восстановить загрузчик QNX.
Вы так же можете использовать способ описанный в теме "Можно ли загрузить QNX при помощи ntldr (загрузчика Windows)?" (
http://forum.kpda.ru/index.php/topic,152.msg3089.html#msg3089).
Готов ответить на дополнительные вопросы.